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Las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos aumentaron en un 6,4% con respecto al año anterior y se han saldado con 1.515 millones de € recaudados
Julio es sinónimo de vacaciones para muchos empresarios y profesionales, pero también es el mes en el que conocemos los principales resultados de la Agencia Tributaria del año anterior.
Este análisis de las actuaciones de la AEAT nos permite vislumbrar que:
- Han aumentado las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos para asegurarse de que cumplen con sus obligaciones tributarias.
- Ha crecido la recaudación obtenida gracias a las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos.
- La lucha contra la facturación irregular, las ventas ocultas y el uso de programas de facturación no certificados es prioritaria para la AEAT.
- Las entradas y registros y las visitas a las empresas también han crecido.
A continuación, te vamos a explicar las claves de la actividad de la Agencia Tributaria y por qué es fundamental que los negocios cuenten con un programa de facturación VeriFactu para cumplir con sus obligaciones de facturación, contables y fiscales de la forma más eficiente y puedan hacer frente con éxito a las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos.
Aumentan las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos y la recaudación
En línea con las prioridades de Hacienda, la AEAT está incrementando las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos de cara a garantizar que cumplen con sus obligaciones con respecto al IRPF, el IVA y el Impuesto sobre Sociedades.
Además, el impulso a las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos se ha visto fortalecido por la creación de nuevos equipos regionales especializados en el control de actividades económicas y el uso de soluciones tecnológicas punteras.
El resultado de todo ello es que en 2025 se realizaron 604.000 comprobaciones fiscales a empresas y autónomos relacionadas con sus actividades económicas.
Tras dichas comprobaciones fiscales a empresas y autónomos, la Agencia Tributaria recaudó 1.515 millones de € más.
Tanto un dato como el otro suponen un incremento del 6,4% con respecto a 2024.
Además, en el trienio 2023-2025 se experimentó un aumento del 12,1% de las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos y un aumento del 7,3% de los importes recaudados.
Crecen especialmente las comprobaciones fiscales relacionadas con el IS
¿En dónde ha puesto el foco la AEAT al realizar comprobaciones fiscales a empresas y autónomos?
La propia Agencia Tributaria destaca las comprobaciones del Impuesto sobre Sociedades.
Así, esta clase de comprobaciones dirigidas a empresas crecieron un 13,6% con respecto a 2024 y hasta un 29,3% en dos años.
Por lo que es fundamental que las empresas sean conscientes de lo importante que es gestionar de manera eficaz el Impuesto sobre Sociedades y prevenir errores que puedan ser detectados en comprobaciones.
Hacienda pone el foco en la detección de ventas ocultas
Otro de los ámbitos donde la Agencia Tributaria está poniendo su foco son las ventas ocultas.
Así, en 2025 se realizaron más de 3.500 inspecciones, un 37% más que en 2024, con el objetivo de detectar ventas que no habían sido declaradas y que, por lo tanto, no habían sido sometidas a gravamen.
Como resultado del descubrimiento de ventas ocultas se computaron cuotas tributarias por valor de 439 millones de €.
El uso de software de facturación y contabilidad de doble uso, bajo la lupa de la AEAT
En línea con lo anterior, la AEAT también está priorizando el descubrimiento de rentas ocultas mediante el análisis de software de doble uso empleado en algunas empresas para gestionar sus actividades económicas.
Estos software de doble uso permiten a los negocios llevar una contabilidad paralela y, así, no declarar algunas ventas y rentas, eludiendo el pago de impuestos.
Precisamente, la aprobación de la normativa VeriFactu busca sancionar tanto a las empresas que comercializan esta clase de programas como a los negocios que los emplean. A la vez que se impone el uso de programas de facturación que garanticen la máxima transparencia en el proceso de creación, anulación y modificación de las facturas.
Casi 300 millones de € recaudados por facturación irregular en negocios
En su memoria anual, la AEAT nos recuerda que «la actividad inspectora destinada a la detección de facturación irregular es una prioridad cada año». Para ello se ponen en marcha proyectos específicos de detección y se llevan a cabo actuaciones dentro de las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos.
Lo que busca la Agencia Tributaria es:
- Detectar el fraude fiscal y combatir la economía sumergida.
- Luchar contra la competencia desleal de las empresas que incumplen sus obligaciones con respecto a las que cumplen con la normativa.
Para conseguirlo, la AEAT se centra en identificar:
- Emisores y receptores de facturas irregulares.
- Tramos organizadas de facturación irregular.
- Empresas que presentan escasas cuotas de IVA soportado y que emplean facturas irregulares para reducir al máximo el IVA que deben ingresar a Hacienda.
En 2025, todas las actuaciones inspectoras articuladas por la AEAT contra la facturación irregular se saldaron con la recaudación de 296 millones de € tras finalizar 1.369 expedientes.
Más de 2.000 entradas y registros y casi 30.000 comprobaciones fiscales a empresas y autónomos presenciales
A pesar de las limitaciones a las entradas y registros en empresas impuestas por la Justicia en los últimos años, en 2025 la Agencia Tributaria realizó 2.057 entradas y registros. 1.553 de estas actuaciones se llevaron a cabo con el apoyo de las Unidades de Auditoría Informática.
En la mayoría de casos, la participación de las UAI consistió en analizar los software de doble uso empleados en los negocios para obtener pruebas relacionadas con la llevanza de una contabilidad B y la ocultación de ventas y rentas.
De hecho, la participación de las UAI en inspecciones tributarias se saldó en 2025 con la imposición de sanciones y la liquidación de cuotas tributarias por valor de 218 millones de €.
Igualmente, dentro del Plan de Visitas de la AEAT se realizaron 29.255 comprobaciones fiscales a empresas y autónomos in situ con el objetivo de constatar que los negocios de sectores de riesgo cumplen con sus obligaciones formales y registrales y de detectar irregularidades que buscan ocultar rentas u otras manifestaciones de economía sumergida.
La mejor forma de afrontar con éxito las comprobaciones fiscales a empresas y autónomos
Hoy en día, las empresas y los autónomos pueden cumplir con sus obligaciones de facturación, contables y fiscales de una forma sencilla y segura trabajando con programas de facturación adaptados a las exigencias legales.
Aunque los plazos de VeriFactu y la facturación electrónica arrancan en 2027, lo cierto es que desde el año pasado los software de facturación deben estar certificados de acuerdo a VeriFactu. Esto implica que tienen que:
- Estar preparados para funcionar como sistemas de emisión de facturas verificables si los negocios opta por la modalidad VeriFactu para emitir sus facturas en vez de por la modalidad No VeriFactu.
- Deben garantizar la integridad y trazabilidad de las facturas, así como impedir su alteración indebida y la llevanza de una contabilidad B.
- Tienen que añadir a las facturas un código QR para asegurar su transparencia y permitir a los clientes consultar en la plataforma de la AEAT que una factura ha sido remitida a Hacienda o informar a la Agencia Tributaria sobre una factura recibida.
Por lo tanto, aunque VeriFactu aún no sea obligatorio, los negocios ya deben trabajar con software certificados, de lo contrario, se exponen a comprobaciones fiscales a empresas y autónomos por software de facturación de doble uso que pueden ser empleados para realizar facturación irregular u ocultar ventas.
En cambio, un programa de facturación certificado permite a los negocios:
- Crear facturas en segundos con todos los datos y elementos exigidos legalmente.
- Automatizar el cálculo de la carga impositiva de las facturas.
- Enviar las facturas a sus destinatarios de forma automatizada.
- Registrar los gastos y las facturas recibidas automáticamente gracias a la tecnología OCR.
- Crear los asientos contables de manera automática a partir de los datos de la facturación emitida y recibida.
- Cumplimentar los principales modelos tributarios automáticamente.
- Usar herramientas de comprobación que detectan posibles errores o incoherencias en los libros contables y los modelos tributarios y permiten subsanarlos con facilidad.
- Almacenar toda la información sobre las facturas emitidas y recibidas para poder acreditar las operaciones económicas declaradas fiscalmente.
- Exportar sus facturas, libros contables y modelos tributarios o enviárselos directamente desde el programa a un asesor o abogado fiscal.
- Facilitar el acceso de los inspectores al programa de facturación.
- Disponer de todas las pruebas necesarias para responder a requerimientos de Hacienda y afrontar comprobaciones fiscales a empresas y autónomos con éxito.